Cerkev sv. Jakoba v Ljubljani v zapisih srečamo že leta 1383. Dobrih dvesto let kasneje, leta 1597, so v Ljubljano prišli jezuiti, ki so prevzeli cerkev v upravljanje in sčasoma temeljito spremenili njeno podobo. Cerkev je bila leta 1774 huje poškodovana v požaru. Požar je prizadel tudi orgle, a so jih popravili in so v cerkvi ostale vse do leta 1853.
Kaj vemo o orglah v cerkvi sv. Jakoba? Marsikaj o njih lahko najdemo v letopisu jezuitskega kolegija Historia annua Collegii Labacensis, ki ga hrani Arhiv Republike Slovenije. Prva omemba je iz leta 1600, zadnja omemba orgel letopisa jezuitskega kolegija pa je iz leta 1637, ko s pomočjo darov obnovijo orgle na koru.
Nadškofijski arhiv v Ljubljani hrani pogodbo, sklenjeno med Janezom Jurijem Eislom (1708?–1780) in predstojništvom Sv. Jakoba za orgle z 18 registri, dvema manualoma ter pedalom. Obstaja možnost, da sta stranski omari sedanjih orgel prav Eislovi orgelski omari iz leta 1780. V istem času je imel orglar namen izdelati večje orgle za ljubljansko stolno cerkev, vendar je žal prej umrl. 18. novembra 1780 je za njegov pogreb plačalo predstojništvo Sv. Jakoba, preostali denar za orgle pa je dobila njegova vdova Apolonija. Leta 1782 se je Apolonija poročila z Jožefom Kučero (1755–1826), ki je prevzel Eislovo delavnico in izdelal orgle za ljubljansko stolnico.
Iz župnijske kronike izvemo, da se je leta 1853 pričelo razstavljanje starih orgel z namenom postavitve novega glasbila, in sicer orgel v treh delih s 23 registri. Žal pogodbe med predstojništvom Sv. Jakoba in orglarjem Andrejem Ferdinandom Malahovskim (1813–1887) do sedaj nismo našli. Dve leti kasneje je Malahovski izdelal orgle v podružnični cerkvi župnije sv. Jakoba, pri Sv. Florijanu na Gornjem trgu (1855, 10/I + P).
Malahovski je bil orglar poljskega rodu, ki je imel delavnico v šempeterskem predmestju, znan pa je bil po svoji intonaciji in tehničnih inovacijah.
16. marca 1882 je orgle pri Sv. Jakobu v navzočnosti strokovnjakov Leopolda Belarja (1828–1899), takratnega regensa chori, in Antona Foersterja (1837–1926) pregledal znani slovenski orglar Franc Goršič. Ohranjena je tako Goršičeva ponudba, kot tudi pogodba med orglarjem in župnikom Janezom Rozmanom za izdelavo novih orgel, ki jo hrani Nadškofijski arhiv Ljubljana. Prav iz Goršičeve pogodbe izvemo za delno dispozicijo orgel Malahovskega, saj je v njej navedeno, katere stare registre bo uporabil, katere pa dodal. Orgle je Goršič umestil v staro orgelsko omaro. Imele so 22 pojočih registrov, manualno (II-I) in pedalno zvezo (I-P) ter dva zbiralnika. Orgle so uspele, kar dokazujejo tudi tedanja poročila v Cerkvenem glasbeniku (CG 1883, št. 7, str. 54-55).
Vir: Zgodovinski arhiv Ljubljana
Leta 1915 ponovno zasledimo željo po novih orglah, objavljeno v Cerkvenem glasbeniku (CG 1915, št. 10, stran 122), saj so bile Goršičeve orgle že v slabem stanju in potrebne večjega popravila. Takratni župnik Berle je delo izročil škofijski glasbeni komisiji in orglarskemu mojstru Antonu Derniču (1879–1954). Zaradi prve svetovne vojne se je projekt ustavil, obudili so ga šele leta 1960, ko je sedanje orgle na koru cerkve sv. Jakoba izdelal orglarski mojster Franc Jenko (1894–1968).
Danes orgle delujejo po sistemu pnevmatike in imajo 42 registrov, od tega 36 pojočih, ki so razdeljeni na tri manuale ter pedal. Jenko jih je prav tako umestil v stari orgelski omari ter med njiju dodal še tretjo omaro. V desetih registrih lahko zasledimo uporabo starih piščali, ki pa so bile prilagojene novi zvočni zasnovi.